玉米深加工设备中的清理系统的工艺长度与复杂程度可以根据玉米类型和计划生产的玉米糁质量来进行调整，不必要或者过度地清理会增加不必要的生产费用。如果生产高精粉，短的清理流程和小的清理空间，仅能清除可能损害设备的杂质，还有更多的杂质和大部分污染的玉米没有清除;如果生产高质量的玉米糁，而又对色泽和灰分有严格要求的话，玉米深加工设备的清理系统就必须清除直接影响玉米糁质量的杂质，但是有可能导致脏麦、杂质排出量的降低。